Hamato Yoshi era miembro del Foot Clan liderado por Oroku Saki durante el periodo feudal japonés. Después de ver lo despiadado que era Saki, decidió abandonar el clan, y como consecuencia recibió la marca de traidor. Saki ordenó matar a la mujer de Yoshi, Tang Sheng, y a sus cuatro hijos. Después de quedar mortalmente herida, la mujer le hizo prometer a Yoshi que cuide de él mismo y de sus hijos. Tras años buscándolos, Saki, que más tarde será conocido como Shredder, los encuentra y los asesina a todos.
Yoshi y sus hijos se reencarnan en una rata y cuatro tortugas respectivamente en el laboratorio Stockegen, propiedad de Baxter Stockman, científico que formó una alianza secreta con Krang, un tirano de otra dimensión. Miembros del Foot Clan se infiltran para robar un mutágeno alien. Se llevan por error también los animales y acaban cayendo en una alcantarilla donde la misteriosa substancia los transforma en humanoides.
Yoshi, ahora conocido como Splinter, recuerda su vida pasada y decide entrenar a sus hijos en el arte del ninjutsu. April O’Neil, una asistente en Stockgen y futura aliada de las Tortugas, los bautiza con nombres de artistas del Renacimiento: Leonardo, Michelangelo, Donatello y Raphael. Lo que parecía un hecho trivial acaba siendo un conflicto en escalada entre el Foot Clan, Krang y unas criaturas inmortales que quieren subyugar a la humanidad como hicieron en tiempos inmemoriales. Encontrar nuevos aliados será primordial para que las Tortugas puedan salvar el mundo.