Este manga relata tres historias en paralelo (y más adelante se suma alguna más). La principal, Junjo Romantica, es sobre Usami y el hermano menor de su mejor amigo -y amor no correspondido-, Misaki. Usami es un famoso escritor de novelas, especialmente BL. Tras conocerse al Misaki necesitar de su ayuda para aprobar un examen de ingreso a una universidad, la curiosidad se desata cuando Misaki descubre las obras en las que trabaja Usami, y en las que inexplicablemente aparecen mencionados su hermano y él.
Las otras dos historias son de aparición menos frecuente pero igual complementan a la historia principal. Junjo Egoist trata sobre Hiroki, quien ama a Usami casi desde que tiene uso de razón, pero sabiendo que no es correspondido, se guarda sus sentimientos para sí mismo, hasta que aparece alguien llamado Nowaki. La tercera historia, Junjo Terrorist, es protagonizada por el jefe de Hiroki, Miyagi, quien no logra dejar atrás su trágico pasado, que puso fin a su matrimonio. Quien podría cambiar eso es Shinobu, un chico que se le aparece de repente para decirle que lo ama. La diferencia de edad podría no ser un gran problema, teniendo en cuenta que, entre otros factores, Shinobu es el hermano menor de su ex mujer.